Av. Cra 9 No. 131 A - 02,
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5 al 7 de julio de 2017

Programa del curso Bioinformática

 

CURSO DE BIOINFORMÁTICA CON ÉNFASIS EN ENTOMOLOGÍA

Mauricio Corredor, Ph.D.   y  Andrés Puerta, M.Sc.

 

Fecha: 4 de julio de 2017. 

Lugar: Universidad el Bosque - Av Cra 9 N° 131a -02 

Valor Inscripción: COP $150.000

Cupo: 30 personas

 Formulario de inscripción al curso  

 

SECCIÓN DE LA MAÑANA

Cuatro horas de la mañana Genómica y Bioinformática de Insectos, Andrés Puerta y Mauricio Corredor

 

1. Charla genómica de insectos y Bioinformática,  30 min (8:00-8:30 am) – Andrés Puerta

2. Práctica: Introducción al Linux y terminal  30 min (8:31-9:00) – Andrés Puerta

3. Práctica: Búsqueda de Homología de genes, software BLAST y HMMs (Modelos Ocultos de Markov), 50 min (9:01-9:50 am).

4. Descanso de 15 min

5. Práctica: búsqueda de genes de interés en los genomas de insectos, haciendo filtrado de resultados con comandos básicos en shell. Recuperación de secuencias de genomas a partir de las coordenadas generadas por el BLAST y HMM, 50 min (10:16- 11: 06 a.m) – Andrés Puerta

6. Visualización de un genoma de insecto en Artemis y manejo de comandos básicos identificación y ubicación de CDs. 50 min ( 11:07-12:00) – Mauricio Corredor

 

Almuerzo, regreso a las 2:00 pm en punto.


SECCIÓN DE LA TARDE

Las tres horas de la tarde sobre proteínas de insectos y proteómica, Mauricio Corredor y Andrés Puerta

 

1. Charla sobre estructura de proteínas, 30 min (2:00-2:30 pm) – Mauricio Corredor

2. Práctica: Datos de mismo HMM Hmmer Build y visualización de Logo de módulo funcional, 20 min (2:31-2:50 pm)

3. Práctica: Visualizar estructuras proteínas y realizar un teórico Phyre2 de un consenso del alineamiento, 50 min (2:51-3:40 pm)

4. Descanso de 15 min

5. Práctica: Análisis estructural, visualización en Chimera y alineamiento estructural, 50 min (3:56-4:45 pm)

6. Charla cierre Proteómica, 30 min (4:46-5:15 pm) – Mauricio Corredor

 

BIBLIOGRAFÍA

Proteómica

- Munoz-Gomez, A., Corredor, M., Benítez-Páez, A., & Pelaez, C. (2014). Development of quantitative proteomics using iTRAQ based on the immunological response of Galleria mellonella larvae challenged with Fusarium oxysporum microconidia. PloS one, 9(11), e112179. http://journals.plos.org/

- Muñoz-Gómez, A., Corredor, M., Benítez-Páez, A., & Peláez, C. (2014). iTRAQ, The High Throughput Data Analysis of Proteins to Understand Immunologic Expression in Insect. In Advances in Computational Biology (pp. 387-394). Springer International Publishing.https://link.springer.com/

Inmunología

- Muñoz-Gómez, A., Corredor, M., Benítez-Páez, A., & Peláez, C. 2013.  Innate immunity of insects: proteomic analysis of the relationship between Galleria mellonella and Fusarium oxysporum host-pathogen model. http://www.frontiersin.org/10 

Neurología y modelamiento

- J. F. Gómez-Molina, M. Corredor, U. M. Ricoy, A. l. Gómez-Molina, F. Lopera, A. Restrepo-Velásquez. Searching for an index of states (sleep/alert-like), projections (inward/outward) and forms (joint/separated) of attention in humans, antsand bacteria. Neuroscience 2015, Chicago

- B. D. Ortiz , G. F. Trujillo , J. F. Gomez-molina , M. Corredor , U. M. Ricoy. A comparison of speed, grooming and seeking behavior in north and south american cockroaches. Neuroscience 2016, San Diego 

- U. M. Ricoy , M. Corredor , J. F. Gomez-molina. Teaching about probability in simple ways: location probabilities, Bayesian methods and exotic probabilities in the context of conditioned place preference with cockroaches. Neuroscience 2016, San Diego.